Taotluse menetlemine koosneb järgmistest etappidest:
- taotluse vastuvõtmine
- taotleja, partneri ja taotluse vastavuse kontroll, finantsvastavuse kontroll
- taotluse sisuline hindamine
- otsus, kas taotlust rahastatakse või mitte.
Taotluste menetlemine ja hindamine on pikemaajaline protsess, mis võib sõltuvalt toetatavast tegevusest aega võtta kuni 3 kuud.
Taotluse vastavust kontrollib KIKi projektikoordinaator, kes vajadusel saadab taotlejale puuduste kohta päringu ja annab parandamiseks tähtaja.
KIK kontrollib rahastamisel ei kahjusta oluliselt põhimõtte järgimist. Rahastatavad projektid ei tohi oluliselt kahjustada ühtegi kuuest keskkonnaeesmärgist:
- kliimamuutuste leevendamine
- kliimamuutustega kohanemine
- vee- ja mereressursside kestlik kasutamine ja kaitse
- ringmajandus, sealhulgas jäätmetekke vältimine ja jäätmete ringlussevõtt
- saastuse vältimine ja tõrje
- elurikkuse ja ökosüsteemide kaitse ja taastamine.
Vastavuse kontrolli läbinud taotlus suunatakse sisulisse hindamisse. Taotluste sisu hindavad eksperdid, kes võivad olla nii KIKist kui väljastpoolt.
Hindamiskomisjon järjestab nõuetele vastavad taotlused hindamiskriteeriumidest lähtuvalt. Järjestuse alusel teeb KIK rahastamise või rahastamata jätmise otsuse.
Pikemaajaliselt avatud (jooksva) vooru korral taotlusi ei järjestata ning rahastatakse kõik nõuetele vastavad taotlused kuni vooru eelarve täitumiseni. Nõuetele mittevastavus vormistatakse rahastamata jätmise otsusena.